La ciudad necesita héroes. La oscuridad se ha apoderado de Nueva York desde que Shredder y su malvado Clan del Pie controlan todo con puño de hierro, desde la policía hasta los políticos. El futuro no pinta nada bien hasta que cuatro hermanos marginados se alzan desde las alcantarillas de la ciudad y descubren su destino como las Tortugas Ninja. Las Tortugas trabajarán con la intrépida reportera April y su cámara, Vern Fenwick, para salvar la ciudad y desentrañar el plan diabólico de Shredder.